Fin del Conflicto y Ascenso del Neoliberalismo
Bajo la administración de Alberto Fujimori, el Jefe de Estado asumió el liderazgo político de la lucha contra el terrorismo, por primera vez. El enfrentamiento se libró principalmente mediante ataques con bombas y asesinatos selectivos por parte de Sendero Luminoso, y una facción el Servicio de Inteligencia del Ejército (SIE, Grupo Colina) le respondió con el mismo método de eliminación selectiva; fue en este contexto que se produjeron la Masacre de La Cantuta, la Masacre de Barrios Altos y la Masacre de Santa. Las víctimas de estos hechos eran miembros o activistas de Sendero Luminoso según diversas investigaciones realizadas por investigadores independientes, como Álvaro Vargas Llosa y Ricardo Uceda, entre otros.
El 5 de abril de 1992, Alberto Fujimori ordenó disolver el Congreso del Perú, con lo cual se inició la crisis constitucional de 1992. El motivo para realizar estas acciones fue que el Congreso se oponía a la urgente aprobación de legislación antiterrorista. Durante el gobierno de Fujimori se aprobó una amnistía de hecho (Ley de Arrepentimiento) que perdonó a unos 8,000 terroristas que aceptaron rendirse y colaborar en la lucha contra la subversión, fortaleció la policía antiterrorista (Dircote), armó a las rondas campesinas, estableció tribunales civiles y militares especiales para juzgar a presuntos miembros de Sendero Luminoso y del MRTA, a los jefes de los grupos terroristas se les juzgó en juicios sumarios y con mano dura. Además, Fujimori anunció que Perú no aceptaría más la jurisdicción de la Corte Interamericana de Derechos Humanos en materia de terrorismo y lucha antidrogas debido a que ese tribunal falló a favor de un grupo de terroristas chilenos que conformaron un comando de secuestros y asesinatos del MRTA, demostrandose la tendencia del tribunal de fallar en contra de los estados y a favor de grupos e individuos subversivos, teroristas o de inclinaciones de izquierda.
Dado que Sendero Luminoso empezó a perder terreno en los Andes a favor del Estado peruano y las rondas campesinas, decidió acelerar su plan estratégico global. Sendero Luminoso declaró que, en jerga maoísta, había alcanzado su «equilibrio estratégico» y estaba listo para empezar su asalto final en las ciudades del Perú. En 1992, Sendero Luminoso colocó una bomba poderosa en el distrito de Miraflores de Lima en lo que se conoció como el atentado de Tarata. Este fue parte de una larga campaña de atentados en Lima.
El 12 de septiembre de 1992, la Policía peruana capturó a Abimael Guzmán y a varios cabecillas senderistas en un departamento ubicado sobre una escuela de danza en el distrito de Surquillo en Lima. La Dircote había estado vigilando el departamento debido a que varios presuntos militantes senderistas lo habían visitado. Al inspeccionar la basura que producía el departamento, se encontraron recipientes vacíos de crema para la piel usada para tratar la psoriasis, una condición que se conocía Guzmán padecía. Poco después de la redada que capturó a Guzmán, cayó también la mayoría de la cúpula senderista restante. Al mismo tiempo, Sendero Luminoso sufrió derrotas militares constantes por parte de las organizaciones campesinas de autodefensa — supuestamente su base social; y la organización se escindió en facciones. El rol de Guzmán como líder de Sendero Luminoso fue asumido por Óscar Ramírez Durand, quien a su vez fue capturado por las autoridades peruanas en 1999. Después de la captura de Ramírez, el grupo se fraccionó, la actividad senderista disminuyó marcadamente y se retornó a las condiciones previas existentes en las áreas donde Sendero Luminoso había estado activo.
Las filas del MRTA fueron diezmadas tanto por la Ley de Arrepentimiento como por el encarcelamiento de sus principales cabecillas. En 1996, el MRTA secuestró la residencia del embajador de Japón en Perú, empezando con la crisis de rehenes en Lima que duró 126 días. El MRTA demandaba la liberación de sus prisioneros; no obstante, no se satisfizo ninguna de las demandas del MRTA. La crisis terminó cuando la Operación Chavín de Huántar permitió que las fuerzas armadas peruanas entraran al edificio y liberaran a los rehenes.
Alberto Fujimori, quien asumió el poder en 1990, desató una crisis constitucional cuando disolvió el Congreso de la República el 5 de abril de 1992 y convocó a una Asamblea Constituyente para instauraruna nueva constitución política.64 Simultáneamente, se inició la recuperación económica mediante una drástica política de shock económico. El gobierno aplicó el terrorismo de estado, se produjo paralelamente un proceso de corrupción del Estado en conjunto –que llegó a ser calificada de cleptocracia– con el entonces Jefe del Servicio de Inteligencia Nacional del Perú, Vladimiro Montesinos.65
Fujimori logró ser reelegido en 1995 e inició varias importantes mejoras macroeconómicas y sociales, aunque no consiguió solucionar la larga recesión económica que afectaba al país. El 9 de abril de 2000, tras unas cuestionadas elecciones, Alberto Fujimori logró un tercer mandato. La oposición, conformada por los diversos partidos políticos y organizaciones civiles de diversa índole, intentó evitar la juramentación del tercer periodo presidencial de Fujimori pero no lo logró.
Seis semanas después, el 14 de septiembre, se difundieron filmaciones donde se mostraba claramente el soborno de algunos Congresistas de la oposición y empresarios para que favorezcan al Gobierno, lo que precipitó la caída del régimen. Fujimori abandonó el país solicitando permiso para participar en la cumbre del Foro de Cooperación Económica Asia-Pacífico para luego dirigirse a Japón, país del cual era ciudadano y desde el cual renunció por fax y donde se refugió. El Congreso no aceptó la renuncia y lo destituyó, inhabilitándolo para ejercer todo cargo político, irónicamente, por diez años.